Согласно правилам, в Кубке принимают участие первые 16 команд лиги по итогам ФОНБЕТ-Первенства России по футболу. Однако из-за отказа четырёх клубов было решено допустить к участию представителей других лиг: питерское «Динамо», «Краснодар-2», «Чертаново» (все 3 – ПФЛ), а также «Урал», выступающий в РФПЛ.
Все 16 команд-участниц разделены между собой на четыре группы в соответствии с занятыми по итогам первого круга местами (участницы других лиг – жребием). Команды проведут однокруговой турнир, по результатам которого будут сформированы полуфинальные пары. Победители групп А и В, а также С и D выявят в стыковых матчах между собой участников финала, вторые команды – участников матчей за 5-8-е места и так далее. Кстати, по такой же формуле проходил розыгрыш Кубка 2015 года.
Каждый из участников Кубка проведёт пять матчей и получит тем самым качественную подготовку в преддверии весенней стадии первенства. В феврале 2017 года Кубок будет разыгран уже шестой раз. Как и в этом году, генеральным партнёром Кубка ФНЛ станет компания «ФОНБЕТ». А призовой фонд турнира составит не менее 10 миллионов рублей.
Ярославский «Шинник» оказался в группе А. В целом состав групп получился следующим:
- Группа А: Шинник, Тамбов, Кубань, Краснодар-2,
- Группа В: Енисей, Зенит-2, Спартак-Нальчик, Урал,
- Группа С: СКА-Хабаровск, Тюмень, Мордовия, Динамо СПб,
- Группа D: Факел, Спартак-2, Волгарь, Чертаново.
Пока «Шиннику» завоевать трофей не удавалось ни разу, хотя дважды он играл в финале.
Отметим, осеннюю стадию Первенства ФНЛ ярославцы завершили на седьмой строчке турнирной таблицы.