Церковь Ильи Пророка была закрыта через три года после Октябрьской революции, в 1920 году. В течение последующих двух лет всё имущество, имеющее художественно-историческое значение, было передано ярославскому историческому музею, а церковные ценности изъяты. А сама церковь была открыта для посетителей как памятник архитектуры.
В начале 1930-х храм оказался закрыт для широкой публики и началась кампания за его снос. Городские власти были уверены, что церковь, находясь на площади, имеющей административно-советское значение, мешает новой планировке города. Предполагалось храм снести, на его месте установить памятник жертвам белогвардейского мятежа, а площадь отдать под проведение массовых мероприятий, в первую очередь демонстраций и парадов. Лишь чудом храм удалось сохранить благодаря музейным работникам.
А уже в конце 1930-х годов в храме Ильи Пророка обосновался ярославский антирелигиозный музей. Создателем и директором его стал Виктор Ковалёв, один из главных членов Союза воинствующих безбожников. Как он вспоминает, в мае 1938 года его вызвал к себе секретарь областного комитета партии. Приказ секретаря был предельно коротким и понятным: «Вот тебе 25 тысяч, и чтобы к 7 ноября был в Ярославле областной антирелигиозный музей». 14 июня началась активная работа по созданию музея. До 7 ноября предстояло определиться с темами экспозиции и создать саму экспозицию. В итоге было решено остановиться на 20 темах, таких как «Пережитки идолопоклонства», «Ярославский белогвардейский мятеж и церковники», «Сектанты в Ярославской области», Победа социализма в СССР и отход масс от религии» и тому подобных. А экспозициями стали мощи ярославских святых князей, нужные по теме книги, конфискованные в храмах Ярославской области, а также иконы, церковная утварь, колокола.
Точно в намеченный срок, 7 ноября 1938 года, музей был торжественно открыт и начал свою работу. Согласно отчётам, в 1939 году в нём побывали более 23 тысяч человек. Стоимость посещения музея составляла от 10 до 30 копеек. Интересно, что 30-копеечные билеты обычно печатались на оборотной стороне типографских бланков и по качеству были хуже 10-копеечных (см. фото).
Также известно, что сотрудники музея занимались и научной деятельностью. В частности, проводили самостоятельные археологические исследования.
Однако просуществовал антирелигиозный музей в Ярославле недолго. С началом Великой Отечественной войны его директор Ковалёв был отправлен на фронт, а музей закрыт.
Билеты в ярославский антирелигиозный музей. Фото: Ретро Ярославль / Вячеслав Нестеров